Im Sommer 1999 wurde unter dem Namen "Forum für Neue Medien" ein Verein gegründet zur Unterstützung und Förderung des Umgangs mit Neuen Medien.
Dies geschah im Zusammenhang mit der Initiative der Abteilung für Kultur des Kantons Basel-Stadt und der Christoph Merian Stiftung, das Viper Festival von Luzern nach Basel zu holen. Auch bestand in Basel bereits eine initiative Künstlerschaft, welche diese Initiativen mittrugen.


Im Winter 1999 / 2000 wurde die Stelle der Leitung des Forums für Neue Medien ausgeschrieben, die auch den Auftrag erhielt, für diese neue Institution ein Konzept zu entwickeln. Annette Schindler trat im Sommer 2000 diese Stelle an und präsentierte der Öffentlichkeit im Oktober ein Betriebskonzept, welches ein online und ein offline-Vermittlungsprogramm ebenso vorsah wie Produktionszusammenarbeiten. Annette Schindler leitete die Institution bis Ende 2010.


Die Räumlichkeiten von [plug.in] am St.Alban-Rheinweg 64 wurden am 16. Oktober eingeweiht und stehen dem Publikum seither offen. Mit den Veranstaltungen und Ausstellungen im [plug.in] gelang es schnell, eine Lücke im kulturellen Leben Basels zu schliessen: Für die junge, sich vital entwickelnde Medienkunst wurde eine Plattform aufgebaut, die eine neue Form der Auseinandersetzung mit Kunst erlaubte. Mit den Aktivitäten im [plug.in] wurde die vielfältige Medienkunst-Szene Basels gestärkt. Es kam lokal zu Zusammenarbeiten mit: Viper; Hyperwerk; Hochschule für Gestaltung und Kunst Basel; Medienwissenschaftliches Seminar der Universität Basel; Point-de-vue; Via; tweaklab; xcult und vielen weiteren Gruppierungen und Individuen.


Im Frühsommer 2002 führte [plug.in] eine Evaluation durch eine externe Expertin, Annette Schönholzer, durch. Die Evaluation hat deutlich gezeigt, dass [plug.in] vom Publikum und den KünstlerInnen insgesamt geschätzt wird. Als gut bis sehr gut beurteilet wurde die Menge und Qualität des Programms und der entsprechenden Öffentlichkeitsarbeit, die Funktion von [plug.in] als Treffpunkt für Medienkunstinteressierte, seine Raumgestaltung und technische Infrastruktur, Serviceleistungen wie Besucherbetreuung und Auskünfte, seine lokale wie nationale Ausstrahung, seine Professionalität, Experimentierfreudigkeit und Vernetzung. Die KünstlerInnen, die in [plug.in] präsentiert wurden, beurteilen durchwegs die Zusammenarbeit als sehr gut, und schätzen auch die verschiedenen Vorteile, welche ihnen aus der Zusammenarbeit erwuchsen.


Seitens der befragten Experten wird [plug.in] als in Basel und in der Schweiz einmalige Institution eingeschätzt, die zukünftig wichtige Impulse im wachsenden Medienkunst-Bereich setzen kann. Dank der hohen Fachkompetenz ist [plug.in] als Drehscheibe und Informationsquelle für Medienkunstinteressierte und -produzierende national die wichtigste Anlaufstelle überhaupt.

2006 initiierte [plug.in] Shift, ein neues Festival der elektronischen Künste in Basel und war seither an der Organisation, Programmierung und Durchführung des Festivals beteiligt. Seit 2009 setzte sich [plug.in] für die Etablierung des Hauses für elektronische Künste Basel auf dem Dreispitz-Areal ein. 2010 fand dessen formale Gründung als Sitftung statt, und im Januar 2011 nahm das Haus für elektronische Künste als Nachfolgeinstitution von [plug.in] seinen Betrieb auf.
[plug.in] seit 2000 mit:
Any Affair, Mark America, Inke Arns, Maja Bajevic, Ursula Biemann, !Mediengruppe Bitnik, Blast Theory, Nathalie Bookchin, Nicolas Boulard, Andres Bosshard, Beat Brogle, Shu Lea Cheang, collectif_fact, Nic Collins, Florian Cramer, etoy, exonemo, F18,  Johannes Gees, Graw Böckler, Beverley Hood, JODI, Birgit Kempker, Knowbotic Research, Thomas Köner, Marc Lee, Jürg Lehni, Golan Levin, Lana Lin, Kristin Lucas, Muda Mathis/Sus Zwick, Marlene McCarty, Micromusic, Norbert Möslang, Christian Philipp Müller, n3krozoft mord, Sadie Plant, Marco Poloni, Max Philipp Schmid, Corinna Schnitt, Cornelia Sollfrank, Bruno Spoerri, Bruno Stanek, Monica Studer/Christoph van den Berg, Jan Torpus, Mark Tribe, Zhang Peili, Rolf Pfeifer, Hinrich Sachs, Andrea Saemann, Jill Scott, Barbara Strebel, Felix Stalder, Reinhard Storz, UBERMORGEN.COM, Olaf Val, Jan Verbeek, Yvonne Volkart, Christoph Wachter/Mathias Jud u.v.a.

Kooperationen mit: dorkbot.swiss, esba Genf, Eyebeam New York, FHNW HGK, F+F Zürich, Fondation Beyeler Riehen, Fri-Art Fribourg, Hartware MedienKunstVerein Dortmund, IfM Uni Basel, Internationale Kurzfilmtage Oberhausen, Jeonju International Film Festival Korea, Museum für Gegenwartskunst Basel, NAMOC Peking, Neue Kunst Halle St.Gallen, point de vue, Tweaklab, Viper, Xcult, ZHdK SNM, u.v.a.